La Fapi è stata tra le prime realtà ad essere stata autorizzata dalla Regione Siciliana ad effettuare corsi di formazione. Oggi esercita l'attività di insegnamento sia in modalità classica, in aula, sia nella modalità e-learning. I campi in cui effettua l'attività di insegnamento sono diversi: Sicurezza, Alimentare, Agricoltura. I corsi svolti in modalità FAD (formazione a distanza) sono nei settori sicurezza e alimenatre (Corsi HACCP, corsi sia di primo rilascio attestato che di aggiornamento per alimentaristi).
